2008年新企業(yè)所得稅法的頒布實(shí)施，對(duì)營(yíng)造各類企業(yè)公平競(jìng)爭(zhēng)的稅收環(huán)境，推進(jìn)稅制現(xiàn)代化建設(shè)，促進(jìn)國民經(jīng)濟(jì)又好又快發(fā)展，意義重大，影響深遠(yuǎn)。但同時(shí)，我們也應(yīng)該看到，新稅法的后續(xù)政策制定和配套管理上也出現(xiàn)了一些問題，需要我們予以重視并加以解決。
（一）部分重要政策尚未得到明確
例如：新企業(yè)所得稅法明確了企業(yè)的不征稅收入用于支出所形成的費(fèi)用或者財(cái)產(chǎn)，不得扣除或者計(jì)算對(duì)應(yīng)的折舊、攤銷扣除。但并沒有同時(shí)明確免稅收入或減計(jì)收入用于支出所形成的費(fèi)用或者財(cái)產(chǎn)是否也是如此處理。這樣就會(huì)造成納稅人用免稅收入或減計(jì)收入對(duì)應(yīng)的成本、費(fèi)用沖銷其應(yīng)稅收入，變相擴(kuò)大了免稅收入或減計(jì)收入的范圍，實(shí)際給予了納稅人雙倍優(yōu)惠。
（二）個(gè)別政策雖已明確但缺乏合理性
根據(jù)國家稅務(wù)總局《關(guān)于企業(yè)處置資產(chǎn)所得稅處理問題的通知》（國稅函[2008]828號(hào)），企業(yè)將資產(chǎn)用于對(duì)外捐贈(zèng)，因資產(chǎn)所有權(quán)屬已發(fā)生改變而不屬于內(nèi)部處置資產(chǎn)，應(yīng)按規(guī)定視同銷售確定收入。屬于企業(yè)自制的資產(chǎn)，應(yīng)按企業(yè)同類資產(chǎn)同期對(duì)外銷售價(jià)格確定銷售收入；屬于外購的資產(chǎn)，可按購入時(shí)的價(jià)格確定銷售收入。
據(jù)此，企業(yè)以外購商品對(duì)外捐贈(zèng)，由于其視同銷售成本可以扣除，企業(yè)不僅不產(chǎn)生任何所得，還增加了業(yè)務(wù)招待費(fèi)、廣告費(fèi)和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)這三項(xiàng)費(fèi)用稅前扣除的計(jì)算基數(shù)。
（三）部分政策雖已明確但執(zhí)行上缺乏可操作性
1、政策沒有明確執(zhí)行起止時(shí)間
國家稅務(wù)總局在《關(guān)于企業(yè)政策性搬遷或處置收入有關(guān)企業(yè)所得稅處理問題的通知》（國稅函[2009]118號(hào)）文件中未規(guī)定政策的執(zhí)行日期，由于文件是在2009年3月12日頒布的，對(duì)文件究竟是從2008匯算清繳年度執(zhí)行，還是從2009文件頒布年度執(zhí)行便產(chǎn)生了認(rèn)識(shí)上的差異，造成各地執(zhí)行日期上的混亂。
2、配套管理文件未能出臺(tái)
根據(jù)新企業(yè)所得稅法，符合條件的非營(yíng)利組織取得的非營(yíng)利性收入為免稅收入。而根據(jù)新企業(yè)所得稅法實(shí)施條例，非營(yíng)利組織的認(rèn)定管理辦法應(yīng)由國務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門會(huì)同國務(wù)院有關(guān)部門制定。但直至現(xiàn)在，這個(gè)認(rèn)定管理辦法還沒有制定和頒布，嚴(yán)重影響到非營(yíng)利性組織享受國家給予的稅收優(yōu)惠。
3、出臺(tái)的配套管理文件表述不夠清晰明確
例如，國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《企業(yè)資產(chǎn)損失稅前扣除管理辦法》的通知（國稅發(fā)[2009]88號(hào)）中明確“單項(xiàng)或批量金額較小”的一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)是“占企業(yè)同類資產(chǎn)10%以下”，但這里講的“同類”指的是大類、小類還是細(xì)類，并沒有一個(gè)具體的標(biāo)準(zhǔn)。另外，對(duì)于“單項(xiàng)或批量金額較大的，需提供外部專業(yè)技術(shù)鑒定部門的鑒定報(bào)告”，這里所說的“外部專業(yè)技術(shù)鑒定部門”具體是指什么部門，基層主管稅務(wù)機(jī)關(guān)和納稅人在實(shí)際操作中感覺很難把握。
4、配套管理文件出臺(tái)時(shí)間嚴(yán)重滯后
2009年4月30日，財(cái)政部國家稅務(wù)總局出臺(tái)了《關(guān)于安置殘疾人員就業(yè)有關(guān)企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策問題的通知》（財(cái)稅[2009]70號(hào)），文件規(guī)定企業(yè)享受安置殘疾職工工資100%加計(jì)扣除應(yīng)同時(shí)具備四個(gè)方面條件，其中，條件之一是“定期通過銀行等金融機(jī)構(gòu)向安置的每位殘疾人實(shí)際支付了不低于企業(yè)所在區(qū)縣適用的經(jīng)省級(jí)人民政府批準(zhǔn)的最低工資標(biāo)準(zhǔn)的工資。”文件還規(guī)定自2008年1月1日起執(zhí)行。這對(duì)事先不知道這一規(guī)定，沒有定期通過銀行等金融機(jī)構(gòu)向安置的每位殘疾人支付工資的企業(yè)，便會(huì)因這一規(guī)定而不能享受這一優(yōu)惠政策。
5、配套管理文件仍不具可操作性
為加強(qiáng)對(duì)企業(yè)工資薪金和職工福利費(fèi)的管理，國家稅務(wù)總局制定了《關(guān)于企業(yè)工資薪金及職工福利費(fèi)扣除問題的通知》（國稅函[2009]3號(hào)），明確稅務(wù)機(jī)關(guān)在對(duì)工資薪金進(jìn)行合理性確認(rèn)時(shí)，可按五項(xiàng)原則掌握。但這些規(guī)定也是非常原則的。如“企業(yè)制訂了較為規(guī)范的員工工資薪金制度”，“規(guī)范”怎么把握？“企業(yè)所制訂的工資薪金制度符合行業(yè)及地區(qū)水平”，“行業(yè)及地區(qū)工資薪金標(biāo)準(zhǔn)”怎么取得？“不符合行業(yè)及地區(qū)水平”怎么認(rèn)定？這些在實(shí)際工作中都很難判斷。
（四）新舊政策銜接過渡中存在的問題
根據(jù)國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)《房地產(chǎn)開發(fā)經(jīng)營(yíng)業(yè)務(wù)企業(yè)所得稅處理辦法》的通知（國稅發(fā)[2009]31號(hào)）“企業(yè)銷售未完工開發(fā)產(chǎn)品取得的收入，應(yīng)先按預(yù)計(jì)計(jì)稅毛利率分季（或月）計(jì)算出預(yù)計(jì)毛利額，計(jì)入當(dāng)期應(yīng)納稅所得額。開發(fā)產(chǎn)品完工后，企業(yè)應(yīng)及時(shí)結(jié)算其計(jì)稅成本并計(jì)算此前銷售收入的實(shí)際毛利額，同時(shí)將其實(shí)際毛利額與其對(duì)應(yīng)的預(yù)計(jì)毛利額之間的差額，計(jì)入當(dāng)年度企業(yè)本項(xiàng)目與其他項(xiàng)目合并計(jì)算的應(yīng)納稅所得額。”由于政策變化，外商房地產(chǎn)企業(yè)由“抵減已繳稅額”轉(zhuǎn)為“抵減應(yīng)納稅所得額”，在新企業(yè)所得稅法將稅率由33%降為25%情況下，企業(yè)會(huì)多繳8個(gè)百分點(diǎn)的稅款。對(duì)這部分多繳稅款如何調(diào)整，目前尚無具體文件規(guī)定。
（五）政策發(fā)布解讀中存在的問題
除了前述文件在起草制定上問題外，在文件公布下發(fā)過程中，也還存在很多問題。突出表現(xiàn)在“慢、少、多”三個(gè)字上。
一是政策發(fā)布慢。文件出臺(tái)后，總局對(duì)外公布時(shí)間總是滯后于社會(huì)，不能在第一時(shí)間向社會(huì)公布，使文件發(fā)布的權(quán)威性、時(shí)效性受到很大影響。
二是政策權(quán)威解讀少。大部分政策文件沒有進(jìn)行同步解讀，口頭解釋多于書面解釋，“小道”解釋多于權(quán)威解釋，民間解釋多于官方解釋，概括起來就是非正規(guī)解釋多于正規(guī)解釋。另外，在具體解釋中還存在多頭解釋、個(gè)人解釋、不同人員解釋不同等情況。
三是各類社會(huì)培訓(xùn)班和培訓(xùn)教材多。由于官方正規(guī)渠道解讀少，給社會(huì)培訓(xùn)帶來巨大商機(jī)。各類社會(huì)培訓(xùn)班四處興起，各類培訓(xùn)教材層出不窮。有些培訓(xùn)班，邀請(qǐng)所謂的“專家”，談的都是個(gè)人觀點(diǎn)和理解，有的培訓(xùn)教材東拼西湊，剛出版即已過時(shí)。