會計(jì)制度規(guī)定，企業(yè)應(yīng)繳的增值稅在“應(yīng)交稅金———應(yīng)交增值稅”科目核算，該科目下設(shè)“進(jìn)項(xiàng)稅額”、“已交稅金”、“減免稅款”、“出口抵減內(nèi)銷產(chǎn)品應(yīng)納稅額”、“銷項(xiàng)稅額”、“出口退稅”、“進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出”、“轉(zhuǎn)出未交增值稅”、“轉(zhuǎn)出多交增值稅”等專欄，同時設(shè)“應(yīng)交稅金———未交增值稅”科目，核算企業(yè)當(dāng)月未繳或多繳的增值稅。但對稅務(wù)機(jī)關(guān)查補(bǔ)的增值稅會計(jì)處理未作明確規(guī)定。
稅法規(guī)定，增值稅一般納稅人在稅務(wù)機(jī)關(guān)對其增值稅納稅情況進(jìn)行檢查后，凡涉及增值稅賬務(wù)調(diào)整的，應(yīng)設(shè)立“應(yīng)交稅金———增值稅檢查調(diào)整”專門賬戶。凡檢查后應(yīng)調(diào)減賬面進(jìn)項(xiàng)稅額或調(diào)增銷項(xiàng)稅額和進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出的數(shù)額，借記有關(guān)科目，貸記本科目；凡檢查后應(yīng)調(diào)增賬面進(jìn)項(xiàng)稅額或調(diào)減銷項(xiàng)稅額和進(jìn)項(xiàng)稅額轉(zhuǎn)出的數(shù)額，借記本科目，貸記有關(guān)科目；全部調(diào)賬事項(xiàng)入賬后，應(yīng)結(jié)出本賬戶的余額，并對該余額進(jìn)行處理。
若余額在借方，全部視同留抵進(jìn)項(xiàng)稅額，按借方余額數(shù)，借記“應(yīng)交稅金———應(yīng)交增值稅（進(jìn)項(xiàng)稅額）”科目，貸記本科目；若余額在貸方，且“應(yīng)交稅金———應(yīng)交增值稅”賬戶無余額，按貸方余額數(shù)，借記本科目，貸記“應(yīng)交稅金———未交增值稅”科目；若余額在貸方，“應(yīng)交稅金———應(yīng)交增值稅”賬戶有借方余額且等于或大于這個貸方余額，按貸方余額數(shù)，借記本科目，貸記“應(yīng)交稅金———應(yīng)交增值稅”科目；若余額在貸方，“應(yīng)交稅金———應(yīng)交增值稅”賬戶有借方余額但小于這個貸方余額，應(yīng)將這兩個賬戶的余額相沖，其差額貸記“應(yīng)交稅金———未交增值稅”科目。上述賬務(wù)調(diào)整應(yīng)按納稅期逐期進(jìn)行。
此外，《國家稅務(wù)總局關(guān)于增值稅一般納稅人發(fā)生偷稅行為如何確定偷稅數(shù)額和補(bǔ)稅罰款的通知》（國稅發(fā)[1998]66號）規(guī)定，偷稅款的補(bǔ)征入庫，應(yīng)當(dāng)視納稅人不同情況處理，即：根據(jù)檢查核實(shí)后一般納稅人當(dāng)期全部的銷項(xiàng)稅額與進(jìn)項(xiàng)稅額（包括當(dāng)期留抵稅額），重新計(jì)算當(dāng)期全部應(yīng)納稅額，若應(yīng)納稅額為正數(shù)，應(yīng)當(dāng)作補(bǔ)稅處理；若應(yīng)納稅額為負(fù)數(shù)，應(yīng)當(dāng)核減期末留抵稅額。
例：2004年2月，某市國稅稽查局對甲公司（工業(yè)企業(yè)，增值稅一般納稅人）2003年度繳納增值稅的情況進(jìn)行檢查時發(fā)現(xiàn)：2003年12月，甲公司存貨發(fā)生非正常損失，全部記入“營業(yè)外支出”科目，其中包括增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額2000元；將自產(chǎn)產(chǎn)品作為福利發(fā)放給職工，未按視同銷售進(jìn)行稅務(wù)處理，少計(jì)算增值稅銷項(xiàng)稅額3000元；
甲公司2003年12月底“應(yīng)交稅金———應(yīng)交增值稅”科目為借方余額1000元。據(jù)此，稽查局作出補(bǔ)繳增值稅4000元，加收滯納金和罰款6000元的決定。甲公司當(dāng)即繳納了上述稅款、滯納金和罰款。賬務(wù)處理為：
轉(zhuǎn)出非正常損失存貨的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額：
借：以前年度損益調(diào)整2000
貸：應(yīng)交稅金———增值稅檢查調(diào)整2000
補(bǔ)提視同銷售的增值稅銷項(xiàng)稅額：
借：應(yīng)付福利費(fèi)3000
貸：應(yīng)交稅金———增值稅檢查調(diào)整3000
此時，“應(yīng)交稅金———增值稅檢查調(diào)整”明細(xì)科目的貸方余額為5000元，當(dāng)期（2003年12月）“應(yīng)交稅金———應(yīng)交增值稅”科目的借方余額為1000元，將“應(yīng)交稅金———增值稅檢查調(diào)整”科目余額沖銷“應(yīng)交稅金———應(yīng)交增值稅”科目借方余額，差額轉(zhuǎn)入“應(yīng)交稅金———未交增值稅”科目：
借：應(yīng)交稅金———增值稅檢查調(diào)整5000
貸：應(yīng)交稅金———應(yīng)交增值稅1000
應(yīng)交稅金———未交增值稅4000
繳納查補(bǔ)的增值稅、滯納金和罰款：
借：應(yīng)交稅金———未交增值稅4000
營業(yè)外支出6000
貸：銀行存款10000
有關(guān)企業(yè)所得稅和留存收益的會計(jì)處理，略。
甲公司申報(bào)2003年企業(yè)所得稅時，應(yīng)調(diào)減應(yīng)納稅所得額2000元；申報(bào)2004年企業(yè)所得稅時，因稅款的滯納金和罰款不得稅前扣除，應(yīng)調(diào)增應(yīng)納稅所得額6000元。