事業(yè)單位領導干部經濟責任審計，要對其經濟責任的履行情況進行全面的審查評價，因此，審計的內容主要取決于領導干部在單位中的地位及其應履行的職責，主要包括被審計領導干部所在單位有無建立適當的內部控制制度，財務收支活動是否真實、合法，資產負債是否真實、完整，主要業(yè)務、經濟指標是否完成，有無違反財經法紀與廉政規(guī)定。

　　（1）內部控制制度的審計。

　　現代內部控制制度不僅適合于手工操作的信息系統，同樣也適合于電算化系統；不僅適合于企業(yè)單位，同樣也適合于事業(yè)單位和政府部門。任何單位要想進行規(guī)范、有效的管理，必須要健全和實施內部控制制度。建立和執(zhí)行內部控制制度是管理者的責任，更是單位領導者的責任。對事業(yè)單位黨政領導進行經濟責任審計時，首先就應查明被審計領導所在單位有無健全的內部控制制度，各項內部控制制度是否得到很好的貫徹執(zhí)行，機構設置、崗位設定、職責劃分、人員定位、業(yè)務處理、作業(yè)程序、資產管理、收支手續(xù)等是否符合內部控制制度的規(guī)定，有無因失控或控制不嚴而造成管理混亂、損失浪費、差錯舞弊等現象的發(fā)生。對事業(yè)單位內部控制制度進行審計的內容主要包括管理控制和社會控制兩個方面。

　?。?）財務收支活動是否真實、合法。

　　根據目前我國大多數事業(yè)單位管理狀況，對事業(yè)單位進行財務收支活動審計時，應在內部控制制度一般性審計的基礎上，重點查明會計控制制度建立與實施狀況，即

　　首先要查明被審計的事業(yè)單位有無健全的會計機構和核算體系，有無必要的會計制度或會計管理規(guī)定，有無建立完善的賬簿體系和會計報告體系，有無內部稽核或內部審計組織，或者有無專門從事復核與審查的人員。

　　其次，檢查各種作業(yè)（包括會計業(yè)務處理）有無健全的操作程序和規(guī)定應辦理的手續(xù)，特別在經濟收支程序中有無貫徹不相容職務分離的原則，有無一個部門或一個人包攬重要經濟收支的全部過程。

　　第三，檢查各項財政、財務收支業(yè)務處理是否符合制度的規(guī)定，有無不按制度規(guī)定或繞過控制處理的現象。

　　第四，檢查會計記錄是否真實、完整地反映了經濟收支事項，所記錄的收支事項是否合理、合法，有無真實可靠的原始資料為依據。

　　第五，檢查財政補助收入是否按國家規(guī)定并按預算級次反映；各項收費有無報批，是否按核定的標準執(zhí)行；事業(yè)性收費收入與經營服務性收入是否分開核算；"財政專戶"的未來性收費收入是否按規(guī)定繳存，有無坐支挪用現象；經營服務性收入是否按稅法規(guī)定繳納各項稅費；各項收入是否按規(guī)定完整地記入各收入類賬戶，有無用"應付賬款"類賬戶截留收入或私設小金庫。

　　第六，檢查各項支出是否屬實，有無真實、合法的原始憑證為依據，有無無據支付或白條支付現象；對于有專門用途的收費是否按規(guī)定用途使用，有無利用收費資金給職工濫發(fā)錢物或違規(guī)建房、購車等問題，結余是否真實反映；對于支出中發(fā)現的異?，F象，應重點查明，視其是否真實、合理與合法進行處理。

　　（3）資產、負債是否真實、完整。

　　目前我國不少事業(yè)單位都存在家底不清，收支不明的問題，很多單位的主要負責人并不知道自己管理的單位有多少資產，有多少債權，有多少債務，用的錢不知道來源，花的錢不知道去向。對事業(yè)單位黨政領導進行經濟責任審計，理應要查明黨政領導所在單位的資產、負債的真實性和完整程度。

　　（4）各項主要經濟指標完成情況的審計。

　　事業(yè)單位各項活動的資金來源主要是：財政補助收入、撥入?？钍杖?、事業(yè)收入、經營收入和其他收入等。事業(yè)單位領導干部的經濟責任就是管好用好國家撥付或自行組織收入取得的資金。事業(yè)單位領導干部任期經濟責任審計指標主要有：資產增長率、資產保值增值率、資產負債率、經費自給率、人員支出比例、公用支出比率、業(yè)務支出比率、人均費用比率（包括人均支出比率、個人支出比率、人均公用支出比率）、收支結余率、收入增長率、專用基金增長率、資產創(chuàng)收率、計劃完成率、招待費支出比率、違規(guī)金額比率和財務處理差錯率等。

　　事業(yè)單位種類繁多，工作性質，任務范圍各有差異，能夠反映事業(yè)單位領導干部任期經濟責任情況的審計指標，除了上述通用指標外，更多的是具體行業(yè)特點的審計指標。

　?。?）遵守財經法紀情況的審計。

　　審計財經法紀情況要以財務收支的真實性、合法性、效益性為載體。在審計中，如果發(fā)現財務收支不真實、有違反財經法紀情況的，應認真核實，并根據審計結果作出相應的處理和建議。構成犯罪的要移交司法部門，依法追究刑事責任；一般違反財經法紀行為的，應按國家法律、法規(guī)作出處理決定和審計建議。

　?。?）個人收入及廉潔自律的情況的審計。

　　事業(yè)單位領導干部的個人收入及廉潔自律情況是經濟責任審計的主要內容。通過審計，應查明領導干部個人收入的真實性、合法性及廉潔自律情況，并作出客觀、公正、實事求是的評價。