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老師您好，對(duì)于員工報(bào)銷的發(fā)票，在做賬的時(shí)候應(yīng)該以實(shí)際支付金額為準(zhǔn)。當(dāng)員工報(bào)銷的發(fā)票金額為100元，實(shí)際支付金額為99元時(shí)，應(yīng)將99元入賬，這也是符合實(shí)際實(shí)付金額的支付情況，另外，實(shí)際支付金額再次證明了員工的真實(shí)支出情況而且避免了上當(dāng)受騙的情況發(fā)生。當(dāng)然，也可以考慮將100元入賬，但需要增加1元的差額，以抵消報(bào)銷金額的差異。另外，為了保證報(bào)銷的財(cái)務(wù)及時(shí)性，同時(shí)追蹤可能的財(cái)務(wù)損失風(fēng)險(xiǎn)，可以在登記發(fā)票的時(shí)候，實(shí)行一定的審查機(jī)制，以及實(shí)行一定的財(cái)務(wù)控制，以確保報(bào)銷發(fā)票的真實(shí)性并避免不必要的財(cái)務(wù)損失。