1.成本費用中公司費用與股東個人消費混雜在一起不能劃分清楚，按照《個人所得稅法》及國家稅務(wù)總局的有關(guān)規(guī)定，上述事項視同為股東從公司分得了股利，須代扣代繳個人所得稅，相關(guān)費用不得計入公司成本費用。
2.在以現(xiàn)金方式支付員工工資時，無員工簽領(lǐng)確認(rèn)的工資單；或雖有簽字，皆為同一人筆跡；或公司員工的工資上限都人為控制在個人所得稅的扣稅標(biāo)準(zhǔn)左右或以內(nèi)；給人以假賬嫌疑。
3.很多公司財務(wù)人員忽視了印花稅的申報（如實收資本及資本公積的印花稅、會計賬簿的印花稅等）。
4.一些公司財務(wù)人員忽視了房產(chǎn)稅的申報，關(guān)聯(lián)方提供辦公場地、生產(chǎn)場地給企業(yè)使用，未按規(guī)定申報房產(chǎn)稅，在稅務(wù)稽查時會帶來補稅、罰款及加收滯納金的風(fēng)險。
5.將應(yīng)由出租公司承擔(dān)的稅金在本公司列支，計稅依據(jù)被降低，變向偷逃了營業(yè)稅等，也不可以在企業(yè)所得稅前列支。
6.免抵退生產(chǎn)企業(yè)未按照當(dāng)期免抵稅額計繳城建稅及教育費附加。
7.公司可以向稅局申請返還最近三年代扣代繳個人所得稅納稅總額2%的代扣代繳手續(xù)費，且用于辦稅人員的開支可免個人所得稅，不少代扣代繳個人所得稅較多的公司未及時辦理返還手續(xù)，造成損失。
8.新認(rèn)定的高新技術(shù)企業(yè)在三年內(nèi)，繳納的增值稅比上年度增長部分，可以申請返還地方財政分成的一半（即繳納增值稅的增量部分12.5%），不少企業(yè)未及時辦理。
9.股東個人的股票投資以公司名義進行，如果出現(xiàn)收益，將額外增加企業(yè)所得稅稅負(fù)及由此產(chǎn)生的利潤分紅所導(dǎo)致的個人所得稅稅負(fù)，不劃算。
10.公司終止經(jīng)營時，不辦理稅務(wù)注銷，該公司法定代表人和股東將上黑名單，今后如在深圳再設(shè)立公司等，須處理完遺留事情后方可辦理。