1.增值稅的核算不規(guī)范，未按規(guī)定進(jìn)行相關(guān)明細(xì)核算，如一般納稅人未設(shè)置“未交增值稅”科目核算應(yīng)交而未交及多繳的稅額；或?qū)α舻侄愵~也通過“未交增值稅”科目核算，出口退稅通過所謂的“補(bǔ)貼收入”科目核算等等，造成增值稅核算混亂。
2.運(yùn)用“發(fā)出商品”科目核算發(fā)出的存貨，引起繳納增值稅時(shí)間上的混亂，按照增值稅條例規(guī)定，如采取直接銷售收款方式，商品（產(chǎn)品）發(fā)出后，即負(fù)有納稅義務(wù)（不論是否開具發(fā)票）。
3.行政管理部門等領(lǐng)用原材料、非正常損耗原材料，原材料所負(fù)擔(dān)的進(jìn)項(xiàng)稅額并沒有做轉(zhuǎn)出處理，領(lǐng)用的產(chǎn)成品亦未視同銷售處理。
4.銷售廢料，沒有計(jì)提并繳納增值稅。
5.對(duì)外捐贈(zèng)原材料、產(chǎn)成品未計(jì)提相應(yīng)的銷項(xiàng)稅額。
6.為降低稅負(fù)，有些企業(yè)接受虛開增值稅專用發(fā)票用于進(jìn)項(xiàng)抵扣。對(duì)會(huì)計(jì)人員來說，虛開及接受虛開增值稅專用發(fā)票可能構(gòu)成嚴(yán)重的刑事犯罪。
7.一般納稅人每月的稅負(fù)率恒定，企業(yè)本意往往是希望人為控制稅負(fù)水平或?yàn)榱瞬灰?a href="http://jnjuyue.cn/shuishou/" target="_blank" class="bule">稅務(wù)局對(duì)異常申報(bào)的關(guān)注，而實(shí)際上正說明了“此地?zé)o銀三百兩”，因?yàn)橥ǔ＿M(jìn)貨與銷售并不會(huì)同步，每月的稅負(fù)率出現(xiàn)適當(dāng)波動(dòng)才是正常的。
8.取得的增值稅專用發(fā)票的開具方與收款人不一致，依規(guī)定如果收款人與發(fā)票開具方不一致，不可以抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額。
9.小規(guī)模納稅人達(dá)到規(guī)定的銷售額時(shí)，可能會(huì)被強(qiáng)制認(rèn)定為一般納稅人，因此，企業(yè)應(yīng)做好相關(guān)準(zhǔn)備。尤其是快要達(dá)到規(guī)定銷售額時(shí)，不宜保留太多存貨，否則被強(qiáng)制認(rèn)定一般納稅人后，該項(xiàng)存貨銷售時(shí)須按17%等稅率，進(jìn)項(xiàng)卻沒有抵扣，不劃算。一般納稅人轉(zhuǎn)正時(shí)，通常是半年就需要達(dá)到100萬（工業(yè)）或180萬（商業(yè)）的銷售額，否則，難以轉(zhuǎn)正。