企業(yè)整體資產轉讓是指一家企業(yè)不需要解散而將其經營活動的全部（包括所有資產和負債）或其獨立核算的分支機構轉讓給另一家企業(yè)，以換取代表接受企業(yè)資本的股權（包括股份或股票等），包括股份公司的法人股東以其經營活動的全部或其獨立核算的分支機構向股份公司配購股票。
縱觀相關政策，企業(yè)整體轉讓應按以下原則進行稅務處理：
1.不征收營業(yè)稅和增值稅。
根據《關于轉讓企業(yè)產權不征收營業(yè)稅問題的批復》 （國稅函（2002]165號）規(guī)定：轉讓企業(yè)產權是整體轉讓企業(yè)資產、債權、債務及勞動力的行為，其轉讓價格不僅僅是由資產價值決定的，與企業(yè)銷售不動產、轉讓無形資產的行為完全不同。因此，轉讓企業(yè)產權的行為不屬于營業(yè)稅征收范圍。不應征收營業(yè)稅。
根據《關于轉讓企業(yè)全部產權不征收增值稅問題的批復》 （國稅函[2002] 420號）規(guī)定：轉讓企業(yè)全部產權是整體轉讓企業(yè)資產、債權、債務及勞動力的行為。因此，轉讓企業(yè)全部產權涉及的應稅貨物的轉讓，不屬于增值稅的征稅范圍，不征收增值稅。
2.應繳納印花稅和土地增值稅。
根據《印花稅暫行條例》及實施細則規(guī)定：企業(yè)整體轉讓屬企業(yè)全部財產的所有權轉讓，應根據產權轉讓所立的書據依萬分之五的稅率繳納印花稅，但企業(yè)因改制簽訂的產權轉移書據免征印花稅。
根據《土地增值稅暫行條例》及其實施細則規(guī)定：轉讓國有土地使用權、地上的建筑物及其附著物（即轉讓房地產）具有法定增值額的應當依法繳納土地增值稅，轉讓非國有土地使用權及地上的建筑物，其附著物則不繳納土地增值稅。
【例1】某企業(yè)始建于20世紀90年代，占用國有土地50畝，整體轉讓價格為3000萬元。經評估機構評估，其中轉讓土地使用權及地面房屋（現行市場建造價）的價格為800萬元，房屋為七成新，允許扣除的有關稅費（印花稅）1.50萬元。該企業(yè)整體轉讓后應繳納的土地增值稅為：
評估價格=800×70％=560（萬元）
允許扣除的稅費合計1.50萬元。
扣除項目合計=560+1.50=561.50（萬元）
增值額=800-561.50=238.50（萬元）
增值率=238.50+561.50×100％=42.48％
應納稅額=238.50×30％=71.55（萬元）
3.收入增值達比例要繳企業(yè)所得稅。
根據《關于企業(yè)股權投資業(yè)務若干所得稅問題的通知》（國稅發(fā)[2000]118號）規(guī)定：如果在企業(yè)整體資產轉讓交易的接受企業(yè)支付的交換額中扣除非股權支付額高于所支付的股權的票面價值（或股本的賬面價值）20％，就應該按照稅法的有關規(guī)定。算出清算所得繳納企業(yè)所得稅。
根據《企業(yè)所得稅法實施條例》第十一條、第六十七條規(guī)定：清算所得是指企業(yè)的全部資產可變現價值或者交易價格減除資產凈值、外購商譽的支出、清算費用以及相關稅費等后的余額。再根據國家稅務總局2008年6月19日發(fā)布的《企業(yè)重組與清算的所得稅處理辦法（討論稿）》的意見，即：企業(yè)的全部資產可變現價值或交易價格減除資產的計稅基礎、清算費用、相關稅費，加上債務清償損益等后的余額為清算所得。因此，這里的“資產凈值”應該是納稅人的全部資產或者財產�？鄢齻鶆涨鍍敁p失、企業(yè)未分配利潤、公益金和公積金后的余額。超過實繳資本的部分；這里的“稅”應該是按稅法規(guī)定繳納的印花稅和土地增值稅。
【例2】2007年某企業(yè)整體轉讓收入2500萬元（不含非股權支付額），經內部清算，企業(yè)注冊資本金為1500萬元，賬面應付未付職工工資性款項180萬元，拖欠各類稅金100萬元，企業(yè)累計未分配利潤300萬元，企業(yè)資本公積金120萬元，外購商譽支出60萬元。
判斷是否應該確認資產轉讓所得或損失。
�。�2500-1500）+1500×100％=66.67％
因該企業(yè)整體資產轉讓交易額超過股本的賬面價值66.67％，所以，應該確認資產轉讓所得或損失，并計算繳納企業(yè)所得稅。
計算該企業(yè)整體轉讓應繳納的企業(yè)所得稅稅額。
2500—1500-180-100-300-120-60=240（萬元）
應繳企業(yè)所得稅=240×33％=79.20（萬元）
4.原股東按財產轉讓所得征個稅。
根據《關于股權轉讓收入征收個人所得稅問題的批復》（國稅函[2007]244號）規(guī)定：通過簽訂股權轉讓協議，以轉讓公司全部資產方式將股權轉讓給新股東，協議約定時間以前的債權債務由原股東負責，協議約定時間以后的債權債務由新股東負責。根據《個人所得稅法》及其實施條例的規(guī)定，原股東取得股權轉讓所得，應按“財產轉讓所得”項目征收個人所得稅。
此外，根據《關于個人股權轉讓過程中取得違約金收人征收個人所得稅問題的批復》（國稅函[2006]866號）規(guī)定：企業(yè)整體成功轉讓后，轉讓方個人股東因受讓方未按規(guī)定期限支付價款而取得的違約金收入，屬于因財產轉讓而產生的收入。轉讓方股東個人取得的該違約金應并人財產轉讓收入，按照“財產轉讓所得”項目計算繳納個人所得稅，但企業(yè)整體轉讓在計算股東應繳納的個人所得稅時不涉及外部的債權債務問題。
如上述例2：假設該企業(yè)是由5名股東投資興辦的農產品加工企業(yè)，其中董事長投資500萬元，總經理投資400萬元，其他3位股東各投資200萬元。整體轉讓過程中繳納的有關稅費合計135萬元，轉讓后另向轉入方收取延期付款違約金60萬元。
則持股人應繳納的個人所得稅為：股東應繳納的個人所得稅：（2500-180-100-1500-135+60）×20％=129（萬元）
其中：董事長應繳納的個人所得稅=129+1500×500=43（萬元）
總經理應繳納的個人所得稅=129+1500×400=34.40（萬元）
其他3位股東各應繳納的個人所得稅=129+1500×200=17.20（萬元）