新《企業(yè)所得稅法》實(shí)施以來(lái)，其整體降低內(nèi)資企業(yè)稅收負(fù)擔(dān)水平、促進(jìn)地區(qū)間稅收政策環(huán)境公平的積極意義得到普遍認(rèn)可，但也存在對(duì)原稅制固有弊病根除不徹底和新概念界定模糊、政策執(zhí)行口徑不明確的問(wèn)題。

　　一、由納稅人范圍調(diào)整引發(fā)的總分機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅匯總征收問(wèn)題

　　新《企業(yè)所得稅法》把以公司制和非公司制形式存在的企業(yè)和取得收入的組織，界定為企業(yè)所得稅的納稅人，這是適應(yīng)經(jīng)濟(jì)主體變化形式的必然選擇，符合國(guó)際慣例，具有前瞻性。但是有些問(wèn)題依然沒(méi)有徹底解決，如跨地區(qū)總分機(jī)構(gòu)的企業(yè)所得稅征管問(wèn)題就是其中之一。

　　根據(jù)《國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國(guó)稅發(fā)〔2008〕28號(hào)）的規(guī)定，對(duì)于因新《企業(yè)所得稅法》采取納稅人法人判定標(biāo)準(zhǔn)，而不再單獨(dú)繳納企業(yè)所得稅的分支機(jī)構(gòu)，國(guó)家采取了新的匯總征管辦法。其稅款預(yù)繳和匯算清繳的主要方法是：第一，對(duì)所繳納企業(yè)所得稅被納入中央與地方共享收入范圍的跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)總分機(jī)構(gòu)企業(yè)，統(tǒng)一計(jì)算總機(jī)構(gòu)和分機(jī)構(gòu)全部應(yīng)稅所得額、應(yīng)納稅額。第二，將統(tǒng)一計(jì)算后的應(yīng)納稅額在企業(yè)總機(jī)構(gòu)和二級(jí)分支機(jī)構(gòu)中按比例分?jǐn)偤蠓謩e預(yù)繳?？倷C(jī)構(gòu)按應(yīng)納稅款的25%向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)繳納稅款，年終匯總清算后的收入由中央和總機(jī)構(gòu)所在地按60∶40分享；按應(yīng)納稅款的25%預(yù)繳至中央國(guó)庫(kù)，匯總清算后的中央國(guó)庫(kù)內(nèi)企業(yè)所得稅收入60%為中央收入，40%由財(cái)政部根據(jù)2004年～2006年各地區(qū)3年實(shí)際分享企業(yè)所得稅占地方分享總額比例定期劃轉(zhuǎn)。各二級(jí)分支機(jī)構(gòu)按以前年度（1月～6月按上上年，7月～12月按上年）各自經(jīng)營(yíng)收入、職工工資、資產(chǎn)總額三因素（權(quán)重分別為：0.35、0.35、0.3）分?jǐn)偸Ｓ嗟?0%應(yīng)納稅額，并向二級(jí)分支機(jī)構(gòu)所在地稅務(wù)主管機(jī)關(guān)預(yù)繳稅款，收入由中央和分支機(jī)構(gòu)所在地按60∶40分享。第三，年度終了后，總機(jī)構(gòu)所在地稅務(wù)機(jī)關(guān)根據(jù)匯總計(jì)算的企業(yè)年度全部應(yīng)納稅額，扣除已預(yù)繳稅款，多退少補(bǔ)。此方法的執(zhí)行將顯著調(diào)節(jié)企業(yè)所得稅收入在地區(qū)間的分配，對(duì)解決地區(qū)間財(cái)力不均問(wèn)題，提高分支機(jī)構(gòu)所在地稅收征收管理積極性，均具有一定的積極作用。但是，在實(shí)施的過(guò)程中，這些方法也表現(xiàn)出一些問(wèn)題，如果不加調(diào)整，將使其實(shí)際發(fā)揮作用大打折扣。

　　1．二級(jí)分支機(jī)構(gòu)計(jì)稅和征收管理中存在的問(wèn)題。

　　（1）仍未徹底解決分支機(jī)構(gòu)利用自身稅收優(yōu)惠條件轉(zhuǎn)移企業(yè)利潤(rùn)，降低企業(yè)整體稅負(fù)水平的問(wèn)題。我國(guó)實(shí)施法人企業(yè)所得稅制改革的一個(gè)重要原因，是用法人條件限制企業(yè)利用適用優(yōu)惠稅率的分公司轉(zhuǎn)移利潤(rùn)，減輕整體稅負(fù)的行為?！?a target="_blank" href="http://jnjuyue.cn/new/63/67/88/2008/3/wa85599171902380023211-0.htm">跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》第十六條，對(duì)《跨省市總分機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理暫行辦法》相應(yīng)部分進(jìn)行了修正，將總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，由分別計(jì)算應(yīng)納所得稅額、應(yīng)納稅額，分別按適用稅率繳納，修正為先由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算全部應(yīng)納稅所得額，然后依照本辦法第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及權(quán)重，計(jì)算劃分不同稅率地區(qū)機(jī)構(gòu)的應(yīng)納稅所得額后，再分別按總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)所在地的適用稅率計(jì)算應(yīng)納稅額。這兩種表述的本質(zhì)區(qū)別在于后者限制了分支機(jī)構(gòu)利用自身在低稅率地區(qū)，轉(zhuǎn)移處于高稅率地區(qū)總機(jī)構(gòu)的利潤(rùn)，減輕企業(yè)整體稅負(fù)，達(dá)到避稅目的的可能性。但是，這種修正實(shí)際上仍未徹底摒除企業(yè)利用分支機(jī)構(gòu)優(yōu)惠稅率避稅的可能性。由于采用以二級(jí)分支機(jī)構(gòu)為單位計(jì)算應(yīng)納稅額，三級(jí)及以下分支機(jī)構(gòu)的經(jīng)營(yíng)收入、職工工資和資產(chǎn)總額統(tǒng)一計(jì)入二級(jí)分支機(jī)構(gòu)的計(jì)稅方法，那些二級(jí)分支機(jī)構(gòu)處于稅收優(yōu)惠地區(qū)而三級(jí)機(jī)構(gòu)不應(yīng)享受優(yōu)惠稅率的企業(yè)，應(yīng)納稅額將大幅減少。這種稅收征管漏洞的存在會(huì)導(dǎo)致企業(yè)扭曲自身組織結(jié)構(gòu)，以達(dá)到避稅的目的。

　　（2）二級(jí)分支機(jī)構(gòu)認(rèn)定標(biāo)準(zhǔn)模糊?！犊绲貐^(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法》第三十一條規(guī)定，總機(jī)構(gòu)應(yīng)在6月20日前將各分支機(jī)構(gòu)當(dāng)年應(yīng)分?jǐn)偠惪畹谋壤钊搿吨腥A人民共和國(guó)企業(yè)所得稅匯總納稅分支機(jī)構(gòu)分配表》，報(bào)送總機(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)，同時(shí)下發(fā)各分支機(jī)構(gòu)。那么，對(duì)二級(jí)分支機(jī)構(gòu)的判定標(biāo)準(zhǔn)就成為稅企雙方關(guān)注的焦點(diǎn)。現(xiàn)對(duì)于企業(yè)分支機(jī)構(gòu)層級(jí)的判定，沒(méi)有十分明晰的規(guī)定，沒(méi)有統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)和監(jiān)管措施，這將加大企業(yè)避稅的可能性。而第1年所確定的企業(yè)分支機(jī)構(gòu)納稅體系，將對(duì)以后年度企業(yè)信息的真實(shí)性，產(chǎn)生重要的參考作用。制定科學(xué)的判定標(biāo)準(zhǔn)和可執(zhí)行的監(jiān)管措施已成為當(dāng)務(wù)之急。

　?。?）特殊行業(yè)分支機(jī)構(gòu)按三因素就地預(yù)繳企業(yè)所得稅不盡合理。從了解的情況看，生產(chǎn)企業(yè)實(shí)行分支機(jī)構(gòu)按三因素就地預(yù)繳稅款企業(yè)所得稅的辦法，各地沒(méi)有太多的異議，但對(duì)建筑、房地產(chǎn)等特殊行業(yè)，按照經(jīng)營(yíng)收入、工資總額和資產(chǎn)的權(quán)重就地預(yù)繳企業(yè)所得稅，多認(rèn)為不妥。建筑業(yè)、房地產(chǎn)業(yè)資產(chǎn)少、流動(dòng)性強(qiáng)、周期短，很多注冊(cè)為分支機(jī)構(gòu)的單位，其實(shí)質(zhì)是借用總機(jī)構(gòu)的資質(zhì)，向總機(jī)構(gòu)繳納管理費(fèi)，總機(jī)構(gòu)賬面體現(xiàn)的是管理費(fèi)收入，當(dāng)?shù)囟悇?wù)機(jī)關(guān)對(duì)其無(wú)法監(jiān)控，總機(jī)構(gòu)再按三因素向分支機(jī)構(gòu)分?jǐn)倯?yīng)納所得稅額，顯然不合理。

　?。?）分支機(jī)構(gòu)法律責(zé)任無(wú)法界定。新《企業(yè)所得稅法》將法人界定為納稅人，分支機(jī)構(gòu)不構(gòu)成納稅人。而《稅收征管法》的行政處罰條款只針對(duì)納稅人，因而對(duì)分支機(jī)構(gòu)出現(xiàn)不按期申報(bào)預(yù)繳稅款等稅收違法行為，稅務(wù)機(jī)關(guān)缺乏相關(guān)的處罰依據(jù)。

　?。?）存在加盟店、單位等特殊分支機(jī)構(gòu)的監(jiān)管真空。實(shí)際生活中，有一些分支機(jī)構(gòu)雖然是非法人分支機(jī)構(gòu)，但往往只是總機(jī)構(gòu)或者為取得總機(jī)構(gòu)的某類行業(yè)資質(zhì)，向總機(jī)構(gòu)支付一定的管理費(fèi)用，經(jīng)營(yíng)管理是完全獨(dú)立的。如果總機(jī)構(gòu)在內(nèi)部管理時(shí)并不把此類分支機(jī)構(gòu)納入，且按三因素分?jǐn)偠惪顣r(shí)也不將此類分支機(jī)構(gòu)納入分配范圍，那么此類分支機(jī)構(gòu)就處于無(wú)人監(jiān)管的狀態(tài)。

　　2.跨地區(qū)總分機(jī)構(gòu)匯總納稅執(zhí)行中的征管問(wèn)題。

　　我國(guó)的企業(yè)所得稅管理權(quán)和收入層次，以2002年企業(yè)所得稅收入分享體制改革為界線，分為前、后兩種情況。改革前，國(guó)稅系統(tǒng)征收中央各部門、各總公司、各行業(yè)協(xié)會(huì)、總會(huì)、社團(tuán)組織、基金會(huì)所屬企事業(yè)單位的所得稅，金融保險(xiǎn)企業(yè)所得稅，軍隊(duì)所辦的國(guó)有企業(yè)所得稅；地稅系統(tǒng)征收地方各級(jí)國(guó)有企業(yè)事業(yè)單位企業(yè)所得稅、集體企業(yè)所得稅、私營(yíng)企業(yè)所得稅。改革后，2001年12月1日前企業(yè)所得稅的原征管機(jī)關(guān)不作變動(dòng)，自2002年1月1日起新登記設(shè)立企業(yè)的企業(yè)所得稅由國(guó)稅系統(tǒng)征收；除少數(shù)特殊行業(yè)外，其他企業(yè)所得稅由中央與地方按比例分成，中央保證各地區(qū)達(dá)到2001年地方實(shí)際的企業(yè)所得稅收入基數(shù)，實(shí)施增量分成。新《企業(yè)所得稅法》實(shí)施，對(duì)國(guó)稅和地稅系統(tǒng)稅源劃分、中央和地方以及各地方之間企業(yè)所得稅實(shí)際分享收入，必然產(chǎn)生重大影響。由此帶來(lái)的兩套征管系統(tǒng)和地區(qū)之間利益博弈的問(wèn)題不可避免，而跨地區(qū)總分機(jī)構(gòu)的企業(yè)所得稅收入歸屬和征管權(quán)劃分則是問(wèn)題的焦點(diǎn)。

　　實(shí)行法人單位匯總納稅后，在原有國(guó)稅、地稅系統(tǒng)征管管轄權(quán)不易界定清楚的問(wèn)題上，又增加了總機(jī)構(gòu)與分支機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)不一致的新問(wèn)題。

　?。?）總機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)各分支機(jī)構(gòu)情況的了解不一定全面，在這種情況下所作出的決定，難免與真實(shí)情況不符，進(jìn)而引發(fā)總機(jī)構(gòu)、分支機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)之間的矛盾。

　　（2）分支機(jī)構(gòu)涉稅事項(xiàng)等均由總機(jī)構(gòu)稅務(wù)機(jī)關(guān)決定，在收入任務(wù)、管理事項(xiàng)等相關(guān)責(zé)權(quán)利不匹配的情況下，分支機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)失去管理的積極性。

　?。?）分支機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)無(wú)法對(duì)收入作出預(yù)測(cè)。實(shí)行《跨省市總分機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅分配及預(yù)算管理暫行辦法》后，分支機(jī)構(gòu)預(yù)繳的企業(yè)所得稅由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算和分?jǐn)偂７种C(jī)構(gòu)所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)分支機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅收入、稅收負(fù)擔(dān)、征管質(zhì)量等都無(wú)法考核，因而無(wú)法預(yù)測(cè)今后每年的收入計(jì)劃數(shù)。

　?。?）稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)總分機(jī)構(gòu)的情況難以全面了解，稅務(wù)檢查（稽查）的難度加大。由于總分機(jī)構(gòu)大多是跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)、分屬不同稅務(wù)機(jī)關(guān)管理，因此，總分機(jī)構(gòu)的主管稅務(wù)機(jī)關(guān)無(wú)法對(duì)其經(jīng)營(yíng)情況進(jìn)行直接、全面、有效的檢查（稽查）。實(shí)行法人匯總納稅，客觀上要求總分機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)加強(qiáng)信息溝通，但由于國(guó)稅、地稅系統(tǒng)征管信息不在一個(gè)平臺(tái)上，目前很難做到。

　　（5）對(duì)總分機(jī)構(gòu)情況缺乏事前監(jiān)控。若總分機(jī)構(gòu)不如實(shí)提供機(jī)構(gòu)管理情況，可依照《稅收征管法》關(guān)于“不如實(shí)提供稅務(wù)資料”的有關(guān)規(guī)定，對(duì)其給予處罰。但這僅是事后的一種補(bǔ)救和懲戒措施，在事前沒(méi)有行之有效的監(jiān)控辦法。

　　另外，新收入分配方式實(shí)施后，各級(jí)政府對(duì)總分機(jī)構(gòu)高度關(guān)注。新《企業(yè)所得稅法》的實(shí)施激發(fā)了地方政府發(fā)展總部經(jīng)濟(jì)的熱情。地方政府采取各種措施對(duì)轄區(qū)內(nèi)的分支機(jī)構(gòu)施加影響，以促其轉(zhuǎn)變成法人單位。這樣做的后果是干預(yù)納稅人的正常經(jīng)營(yíng)活動(dòng)，引發(fā)國(guó)稅、地稅機(jī)關(guān)的征收管轄權(quán)爭(zhēng)議。

　　二、應(yīng)納稅所得額計(jì)算中存在的問(wèn)題

　　1.不征稅收入扣除問(wèn)題。

　　不同于原企業(yè)所得稅法對(duì)收入僅有一個(gè)收入總額概念，新《企業(yè)所得稅法》明確提出了應(yīng)稅收入、不征稅收入、免稅收入概念。其中，不征稅收入是指從性質(zhì)和根源上不屬于企業(yè)營(yíng)利性活動(dòng)帶來(lái)的經(jīng)濟(jì)利益，從稅收原理上應(yīng)永久不被列入征稅范圍，主要包括財(cái)政撥款和依法收取并納入財(cái)政管理的行政事業(yè)性收費(fèi)、政府性基金。

　　但是《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第二十八條規(guī)定，企業(yè)的不征稅收入用于支出所形成的費(fèi)用或者財(cái)產(chǎn)，不得扣除或者計(jì)算對(duì)應(yīng)的折舊、攤銷扣除。這一規(guī)定沒(méi)有區(qū)分支出性質(zhì)，未能真正體現(xiàn)不征稅的精神。對(duì)企業(yè)而言，其取得的不征稅收入，主要是指國(guó)家規(guī)定專門用途并經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)的財(cái)政性資金，其實(shí)質(zhì)是政府對(duì)企業(yè)的一種捐贈(zèng)。這種不征稅收入能在兩個(gè)環(huán)節(jié)帶來(lái)企業(yè)經(jīng)濟(jì)利益的流入：一是在取得不征稅收入環(huán)節(jié)，企業(yè)無(wú)須付出對(duì)價(jià)，取得的過(guò)程即是經(jīng)濟(jì)利益的凈流入；二是企業(yè)用這部分收入從事與生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)相關(guān)的活動(dòng)，帶來(lái)經(jīng)濟(jì)利益的流入。如果納稅人將不征稅收入用于與取得應(yīng)稅收入有關(guān)的支出，而不能按配比原則進(jìn)行扣除，則必然造成對(duì)不征稅收入事實(shí)上的征稅。例如，國(guó)家對(duì)某企業(yè)撥款200萬(wàn)元用于某項(xiàng)新產(chǎn)品的開發(fā)，該企業(yè)用該款項(xiàng)購(gòu)置專用試制設(shè)備1臺(tái)，假定折舊年限為3年（不考慮凈殘值），試制過(guò)程中銷售試制產(chǎn)品取得銷售收入400萬(wàn)元，發(fā)生除折舊之外的試制支出40萬(wàn)元。則3年中因該筆業(yè)務(wù)企業(yè)應(yīng)納所得稅為：（400－40）×25%＝90萬(wàn)元。如果上述200萬(wàn)元系其他企業(yè)捐助，則3年中企業(yè)因該筆業(yè)務(wù)應(yīng)納所得稅為：（200＋400－200－40）×25%＝90萬(wàn)元。由此可以看出，企業(yè)用征稅收入和不征稅收入支出，其應(yīng)納稅額完全一致，不征稅的規(guī)定未能體現(xiàn)出來(lái)。

　　2.具體執(zhí)行中合理性原則的困惑。

　　新《企業(yè)所得稅法》第八條和《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第二十七條在稅前扣除中提出了“合理”這一標(biāo)準(zhǔn)。合理性原則的適用是國(guó)際上的一般做法。企業(yè)發(fā)生的與取得收入有關(guān)的、合理的支出可依法得到充分補(bǔ)償。但對(duì)于合理性這樣一個(gè)相對(duì)模糊的概念，由于人的理解角度和知識(shí)背景等存在差異，征納雙方甚至征收管理機(jī)關(guān)內(nèi)部，很容易產(chǎn)生截然相反的解釋，給新法的實(shí)施帶來(lái)阻礙。

　　國(guó)家稅務(wù)總局《關(guān)于印發(fā)新企業(yè)所得稅法精神宣傳提綱的通知》（國(guó)稅函〔2008〕159號(hào)）指出，對(duì)工資支出合理性的判斷，主要包括兩個(gè)方面：一是雇員實(shí)際提供了服務(wù)，二是報(bào)酬總額在數(shù)量上是合理的。實(shí)際操作中主要考慮雇員的職責(zé)、過(guò)去的報(bào)酬情況，以及雇員的業(yè)務(wù)量和復(fù)雜程度等相關(guān)因素。同時(shí)，還要考慮當(dāng)?shù)赝袠I(yè)職工平均工資水平。但是，并未對(duì)利用此項(xiàng)目避稅的不合理扣除作出規(guī)定，難以對(duì)企業(yè)股東以工資名義分配利潤(rùn)或經(jīng)營(yíng)者不適當(dāng)?shù)貫樽约洪_支高工資等作出界定，制定懲罰措施?？梢姡诤侠硇缘脑u(píng)判標(biāo)準(zhǔn)方面，需要進(jìn)一步制定更具有可執(zhí)行性的量化指標(biāo)。此外，目前我國(guó)企業(yè)所得稅制仍未明確對(duì)職工數(shù)量的認(rèn)定方法，對(duì)“在本企業(yè)任職或者受雇的員工”的界定并不明確。在實(shí)際操作中，對(duì)于使用勞務(wù)派遣企業(yè)提供的勞務(wù)人員應(yīng)如何界定？對(duì)兼職人員工資是否應(yīng)視作勞務(wù)費(fèi)支出？存在一系列需統(tǒng)一征管口徑的問(wèn)題。同時(shí)由于對(duì)職工數(shù)量的真實(shí)性難以確認(rèn)，使以工薪總額14%為界的職工福利費(fèi)支出扣除也同樣失去了準(zhǔn)確計(jì)量的可能性。

　　3.福利費(fèi)扣除問(wèn)題。

　　新會(huì)計(jì)準(zhǔn)則已取消職工福利費(fèi)支出，統(tǒng)一在職工薪酬中核算。會(huì)計(jì)上要求企業(yè)在首次執(zhí)行新會(huì)計(jì)準(zhǔn)則時(shí)，將應(yīng)付福利費(fèi)轉(zhuǎn)入“職工薪酬－福利費(fèi)”，同時(shí)規(guī)定應(yīng)付福利費(fèi)結(jié)余，上市公司可以結(jié)余沖減當(dāng)期管理費(fèi)用，非上市公司繼續(xù)按原有規(guī)定使用。稅法卻仍舊允許提取職工福利費(fèi)。二者的不相吻合使企業(yè)無(wú)所適從，政策失去了得到真正執(zhí)行的條件。

　　三、稅收優(yōu)惠政策中存在的若干問(wèn)題

　　1.若干企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄尚未出臺(tái)。

　　《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第八十七條、第九十九條、第一百條提到的企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄，除《國(guó)家重點(diǎn)支持的高新技術(shù)領(lǐng)域》、《資源綜合利用企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄》外，其他稅收優(yōu)惠項(xiàng)目執(zhí)行標(biāo)準(zhǔn)仍未推出。因此，企業(yè)將不能及時(shí)享受到稅收優(yōu)惠。

　　2.環(huán)境保護(hù)、節(jié)能節(jié)水項(xiàng)目企業(yè)所得稅優(yōu)惠的管理問(wèn)題。

　　《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第八十八條規(guī)定，企業(yè)從事前款規(guī)定的符合條件的環(huán)境保護(hù)、節(jié)能節(jié)水項(xiàng)目的所得，自項(xiàng)目取得第一筆生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)收入所屬納稅年度起，第1年～第3年免征企業(yè)所得稅，第4年～第6年減半征收企業(yè)所得稅。這項(xiàng)規(guī)定存在的問(wèn)題有：一是大型企業(yè)將環(huán)境保護(hù)、節(jié)能節(jié)水項(xiàng)目的產(chǎn)品，作為生產(chǎn)產(chǎn)品的原材料，不對(duì)外銷售，而是減少原材料外購(gòu)量，其項(xiàng)目所得應(yīng)如何確定；二是在程序上，某項(xiàng)目在啟動(dòng)前，一般是先由管理部門對(duì)項(xiàng)目進(jìn)行認(rèn)定。認(rèn)定后，企業(yè)再進(jìn)行投資改造，然后竣工并取得生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)收入。但在實(shí)際生活中，有許多企業(yè)是先進(jìn)行投資改造，竣工并取得生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)收入，后到管理部門認(rèn)定項(xiàng)目，前后跨年度。在這種情況下，如何認(rèn)定享受優(yōu)惠政策的時(shí)間，成為需要明確的問(wèn)題。

　　3.關(guān)于開發(fā)新技術(shù)、新產(chǎn)品、新工藝的認(rèn)定和研發(fā)費(fèi)用列支范圍問(wèn)題。

　　新《企業(yè)所得稅法》規(guī)定對(duì)于企業(yè)為開發(fā)新技術(shù)、新產(chǎn)品、新工藝發(fā)生的研究開發(fā)費(fèi)用，未形成無(wú)形資產(chǎn)計(jì)入當(dāng)期損益的，在按照規(guī)定實(shí)行100％扣除的基礎(chǔ)上，按照研究開發(fā)費(fèi)用的50％加計(jì)扣除；形成無(wú)形資產(chǎn)的，按照無(wú)形資產(chǎn)成本的150％攤銷。《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》雖然明確了企業(yè)所得稅研究開發(fā)費(fèi)用加計(jì)扣除優(yōu)惠限定于開發(fā)新技術(shù)、新產(chǎn)品、新工藝，但仍存在幾個(gè)不明確的問(wèn)題：一是對(duì)于開發(fā)新技術(shù)、新產(chǎn)品、新工藝的認(rèn)定，應(yīng)怎么認(rèn)定、由誰(shuí)認(rèn)定；二是研究開發(fā)費(fèi)用項(xiàng)目?jī)?nèi)容，即研究開發(fā)費(fèi)用究竟應(yīng)列支哪些具體費(fèi)用；三是原來(lái)的關(guān)于技術(shù)開發(fā)費(fèi)的相關(guān)規(guī)定如何適用。根據(jù)《財(cái)政部、國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新有關(guān)企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策的通知》（財(cái)稅〔2006〕88號(hào)）的有關(guān)規(guī)定，對(duì)符合條件的企業(yè)在1個(gè)納稅年度實(shí)際發(fā)生的技術(shù)開發(fā)費(fèi)項(xiàng)目，按規(guī)定實(shí)行100%扣除基礎(chǔ)上，再按當(dāng)年實(shí)際發(fā)生額的50%在企業(yè)所得稅稅前加計(jì)扣除。企業(yè)年度實(shí)際發(fā)生的技術(shù)開發(fā)費(fèi)當(dāng)年不足抵扣的部分，可以在以后年度企業(yè)所得稅應(yīng)納稅所得額中結(jié)轉(zhuǎn)抵扣，抵扣的期限最長(zhǎng)不得超過(guò)5年。但新《企業(yè)所得稅法》規(guī)定企業(yè)的上述研究開發(fā)費(fèi)在計(jì)算應(yīng)納稅所得額時(shí)可按照研究開發(fā)費(fèi)的50％加計(jì)扣除，而對(duì)企業(yè)以前年度結(jié)轉(zhuǎn)技術(shù)開發(fā)費(fèi)未抵扣額如何過(guò)渡處理，尚無(wú)明確規(guī)定。如果稅務(wù)機(jī)關(guān)無(wú)法有效地對(duì)納稅人計(jì)提這部分費(fèi)用進(jìn)行監(jiān)管，一些企業(yè)就會(huì)以開發(fā)新技術(shù)、新產(chǎn)品、新工藝的名義，多計(jì)提研發(fā)費(fèi)用或擴(kuò)大計(jì)提范圍，從而產(chǎn)生關(guān)聯(lián)企業(yè)避稅的又一手段，即關(guān)聯(lián)企業(yè)一方委托另一方進(jìn)行研發(fā)，按照新《企業(yè)所得稅法》的規(guī)定，對(duì)委托方而言可以享受加計(jì)扣除優(yōu)惠，對(duì)受托方而言可以享受技術(shù)轉(zhuǎn)讓所得免稅或者其他技術(shù)類優(yōu)惠。

　　4.固定資產(chǎn)加計(jì)扣除政策的銜接問(wèn)題。

　　《企業(yè)所得稅法》第三十二條規(guī)定，企業(yè)的固定資產(chǎn)由于技術(shù)進(jìn)步等原因，確需加速折舊的，可以縮短折舊年限或者采取加速折舊的方法。這里存在著與原稅法對(duì)固定資產(chǎn)折舊年限認(rèn)定不一致的銜接問(wèn)題。如，新稅法規(guī)定運(yùn)輸工具、電子設(shè)備的最低折舊年限由5年分別縮短為4年和3年，那么此規(guī)定是否僅指2008年1月1日以后購(gòu)買的設(shè)備？對(duì)以前購(gòu)買的設(shè)備執(zhí)行什么政策？另外，此規(guī)定目前無(wú)法操作。因?yàn)閷?duì)由于技術(shù)進(jìn)步、產(chǎn)品更新?lián)Q代較快的固定資產(chǎn)，常年處于強(qiáng)震動(dòng)、高腐蝕狀態(tài)的固定資產(chǎn)均并未明確具體范圍。

　　5.資源綜合利用政策問(wèn)題。

　　《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》第九十九條規(guī)定企業(yè)所得稅法第三十三條所稱減計(jì)收入，是指企業(yè)以《資源綜合利用企業(yè)所得稅優(yōu)惠目錄》規(guī)定的資源作為主要原材料，生產(chǎn)國(guó)家非限制和禁止并符合國(guó)家和行業(yè)相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)的產(chǎn)品取得的收入，減按90%計(jì)入收入總額。問(wèn)題在于企業(yè)綜合利用資源所生產(chǎn)的產(chǎn)品，大多不對(duì)外銷售，而是繼續(xù)作為生產(chǎn)的原材料。如何合理確認(rèn)相關(guān)收入，提出價(jià)格的核定、產(chǎn)品的計(jì)量等規(guī)定要求，成為在制定優(yōu)惠目錄時(shí)必須考慮的問(wèn)題。

　　四、新《企業(yè)所得稅法》征收管理中存在的問(wèn)題

　　1.企業(yè)所得稅核定征收企業(yè)適用稅收優(yōu)惠的問(wèn)題。

　　《企業(yè)所得稅月（季）度預(yù)繳納稅申報(bào)表》的填表說(shuō)明指出：實(shí)行核定征收企業(yè)所得稅的納稅人，可以依法享受過(guò)渡期的稅收優(yōu)惠、小型微利企業(yè)優(yōu)惠、高新技術(shù)企業(yè)優(yōu)惠和經(jīng)稅務(wù)機(jī)關(guān)審批或備案的其他減免稅優(yōu)惠。但是，這一規(guī)定與《企業(yè)所得稅核定征收辦法（試行）》的相關(guān)規(guī)定不銜接，在實(shí)際工作中難以操作。按《企業(yè)所得稅核定征收辦法（試行）》第四條規(guī)定，納稅人的收入或成本費(fèi)用只有1項(xiàng)可以正確核算（查實(shí)、計(jì)算、推定）的適用核定應(yīng)稅所得率征收方式；1項(xiàng)都不能正確核算（查實(shí)、計(jì)算、推定）的，適用核定應(yīng)納所得稅額征收方式。按《企業(yè)所得稅法實(shí)施條例》規(guī)定，高新技術(shù)企業(yè)優(yōu)惠應(yīng)符合的條件包括：研究開發(fā)費(fèi)用占銷售收入的比例不低于規(guī)定的比例，高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入占企業(yè)總收入的比例不低于規(guī)定比例。這就要求納稅人的收入和成本費(fèi)用均能夠準(zhǔn)確核算，核定征收企業(yè)顯然不能符合這一要求。

　　2.企業(yè)清算的企業(yè)所得稅申報(bào)問(wèn)題。

　　《企業(yè)所得稅法》第五十五條規(guī)定，企業(yè)應(yīng)當(dāng)在辦理注銷登記前，就其清算所得向稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)并依法繳納企業(yè)所得稅?！镀髽I(yè)所得稅法實(shí)施條例》第十一條規(guī)定，清算所得是指企業(yè)的全部資產(chǎn)可變現(xiàn)價(jià)值或者交易價(jià)格減除資產(chǎn)凈值、清算費(fèi)用以及相關(guān)稅費(fèi)等后的余額。筆者認(rèn)為，從1994年以來(lái)，由于沒(méi)有對(duì)企業(yè)清算作明確的征管規(guī)定，大部分企業(yè)注銷時(shí)沒(méi)有向稅務(wù)機(jī)關(guān)提交清算報(bào)告，實(shí)際上稅務(wù)機(jī)關(guān)很難對(duì)企業(yè)清算所得進(jìn)行管理，企業(yè)注銷時(shí)稅收流失相當(dāng)嚴(yán)重。