按照《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》及其實施條例規(guī)定，企業(yè)研發(fā)費(fèi)用享受加計扣除的稅收優(yōu)惠，需經(jīng)過項目確認(rèn)、項目登記和加計扣除3個環(huán)節(jié)。項目確認(rèn)由市或直轄市科技局或經(jīng)信委進(jìn)行審核，方可發(fā)放《企業(yè)研究開發(fā)項目確認(rèn)書》；項目登記時，由企業(yè)持《企業(yè)研究開發(fā)項目確認(rèn)書》向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)提出申請，稅務(wù)機(jī)關(guān)對項目進(jìn)行認(rèn)證后出具《企業(yè)研究開發(fā)項目登記信息告知書》；企業(yè)依據(jù)告知書，每年計算加計扣除金額。
在加計扣除項目中，通常要說明資金來源，對于獲得政府撥款的研發(fā)項目，在申報研發(fā)費(fèi)用加計扣除和企業(yè)所得稅匯算清繳時，需注意以下問題。
企業(yè)會計準(zhǔn)則對研發(fā)費(fèi)用中財政撥款的處理
《企業(yè)會計準(zhǔn)則第16號——政府補(bǔ)助》（以下簡稱準(zhǔn)則）規(guī)定，政府補(bǔ)助分為與資產(chǎn)相關(guān)的政府補(bǔ)助和與收益相關(guān)的政府補(bǔ)助。與資產(chǎn)相關(guān)的政府補(bǔ)助，是指企業(yè)取得的、用于購建或以其他方式形成長期資產(chǎn)的政府補(bǔ)助。此類政府補(bǔ)助，不能直接確認(rèn)為當(dāng)期收益，而應(yīng)當(dāng)確認(rèn)為遞延收益，即自相關(guān)資產(chǎn)可供使用時起，在使用壽命內(nèi)平均分配，分次計入以后各期的損益（營業(yè)外收入）。相關(guān)資產(chǎn)在使用壽命結(jié)束前被出售、轉(zhuǎn)讓、報廢或發(fā)生毀損的，應(yīng)將尚未分配的遞延收益余額一次性轉(zhuǎn)入資產(chǎn)處置當(dāng)期的損益（營業(yè)外收入）。與收益相關(guān)的政府補(bǔ)助，是指除與資產(chǎn)相關(guān)的政府補(bǔ)助之外的各項補(bǔ)助。其中對用于補(bǔ)償企業(yè)以后期間的相關(guān)費(fèi)用或損失的，取得時確認(rèn)為遞延收益，并按相關(guān)費(fèi)用發(fā)生期間計入當(dāng)期損益（營業(yè)外收入）；對用于補(bǔ)償企業(yè)已發(fā)生的相關(guān)費(fèi)用或損失的，取得時直接計入當(dāng)期損益（營業(yè)外收入）。
由于企業(yè)申請獲得的研發(fā)項目財政撥款，一般不是用于購建或以其他方式形成長期資產(chǎn)，加之研發(fā)項目本身具有一定的投資風(fēng)險，不具備確認(rèn)為資產(chǎn)的條件，因此大多屬于與收益有關(guān)的政府補(bǔ)助。在會計處理上，補(bǔ)償以前發(fā)生的研發(fā)費(fèi)用時，借記“銀行存款”，貸記“營業(yè)外收入”。收到財政撥款時，借記“銀行存款”，貸記“遞延收益”。發(fā)生相應(yīng)研發(fā)支出時，借記“開發(fā)支出”，貸記“銀行存款”，同時分期確認(rèn)收益，借記“遞延收益”，貸記“營業(yè)外收入”。
開發(fā)項目取得的財政撥款在研發(fā)費(fèi)用加計扣除中的處理
《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈企業(yè)研究開發(fā)費(fèi)用稅前扣除管理辦法（試行）〉的通知》（國稅發(fā)[2008]116號）附件《研發(fā)項目可加計扣除研究開發(fā)費(fèi)用歸集表》中明確規(guī)定，從有關(guān)部門和母公司取得的研究開發(fā)費(fèi)專項撥款應(yīng)予以剔除，不得計入加計扣除額。這是因為財政撥款和母公司撥款屬于不征稅收入，其用于支出形成的費(fèi)用當(dāng)然也不能在計算應(yīng)納稅額時扣除。至于如何確定在當(dāng)年發(fā)生的研發(fā)費(fèi)用中有多少金額是由財政撥款支付的，取決于企業(yè)對該項資金的取得與發(fā)生的支出是否單獨(dú)核算。如果不單獨(dú)核算，則應(yīng)將當(dāng)年度收到的財政撥款全額剔除；如果單獨(dú)核算，則可在研發(fā)費(fèi)用總額中剔除屬于當(dāng)年用財政撥款支付的金額，而后計算加計扣除金額。
開發(fā)項目取得的財政撥款在企業(yè)所得稅匯算清繳中的處理
企業(yè)研究開發(fā)項目取得的財政撥款，不論在會計上如何處理，均應(yīng)根據(jù)具體情況確認(rèn)收入。稅前扣除的確認(rèn)應(yīng)遵循企業(yè)所得稅法規(guī)定的原則�！�財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于專項用途財政性資金企業(yè)所得稅處理問題的通知》（財稅[2011]70號）規(guī)定，自2011年1月1日起，企業(yè)從縣級以上各級人民政府財政部門及其他部門取得的應(yīng)計入收入總額的財政性資金，凡同時符合以下條件的，可以作為不征稅收入，在計算應(yīng)納稅所得額時從收入總額中減除：（一）企業(yè)能夠提供規(guī)定資金專項用途的資金撥付文件；（二）財政部門或其他撥付資金的政府部門對該資金有專門的資金管理辦法或具體管理要求；（三）企業(yè)對該資金以及以該資金發(fā)生的支出單獨(dú)進(jìn)行核算。也就是說，企業(yè)研發(fā)項目取得的上述財政撥款可不確認(rèn)收入。同時，上述不征稅收入用于支出所形成的費(fèi)用，也不得在計算應(yīng)納稅所得額時扣除；用于支出所形成的資產(chǎn)，計提的折舊、攤銷也不得在計算應(yīng)納稅所得額時扣除。需要關(guān)注的是，企業(yè)將上述研發(fā)項目取得的財政撥款作不征稅收入處理后，如在5年（60個月）內(nèi)未發(fā)生支出又未繳回財政或有關(guān)撥付資金的主管部門的部分，需重新計入取得該資金第六年的收入總額。重新計入收入總額的財政性資金發(fā)生的支出，允許在發(fā)生年度計算應(yīng)納稅所得額時扣除。